学校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中医进修学校，1960年云南中医学院正式挂牌成立，1986年获硕士学位授予权，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年成为博士学位授予单位，同年更名为云南中医药大学，是国家中医药临床研究基地、国家中医药服务出口基地、国家中医药国际合作基地、国家中医药传承创新中心培育单位、国家中医临床教学培训示范中心、国家药物临床试验机构。学校秉承“崇德和合、博学敦行”的校训精神，已发展成为以中医药为主体、民族医药为特色，以本科教育为基础，研究生教育规模不断扩大，继续教育和对外教育呈现良好态势，医、理、工、管多学科协调发展的综合性中医药院校。

　　学校现有呈贡和白塔（含和平村）两个校区，总占地面积778.78 亩，总建筑面积33.42 万平方米。

　　在校生与毕业生概况：截至2023年5月，学校有全日制学生1.5万余人。其中，本科生1.3万余人，硕士研究生2275人，博士研究生32人，留学生181人。60余年来，培养了近8.9万余名中医药专门人才。中国工程院院士朱兆云是学校78级中药学专业毕业生。

　　学科专业水平不断提高：有11个学院、2个公共课教学部。在建国家中医药管理局高水平中医药重点学科5个，有1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点；有25个本科专业，其中，4个国家一流专业建设点，2个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业。有5门国家级一流本科课程。有实践教学基地140余个，其中，直属附属医院2所，非直属附属医院13所。现有纸本藏书110余万册，是国家教育信息化试点单位。

　　人才队伍建设成效显著：有在职在编教职工843人，其中博士人数246人，占比例29.18%，硕士人数453人，占比例53.74%。博士研究生导师31人，享受国务院政府特殊津贴专家8人，国家有突出贡献优秀专业技术人员1人，全国名中医2人，岐黄学者1人，全国青年岐黄学者2人，国家卫计委突出贡献中青年专家1人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人，全国中医药高校教学名师1人。

　　科研实力持续提升：学校聚焦民族医药、滇南医药、南药研究三大科研集群，拥有国家级及省级科研平台21个，其中国家中医临床研究基地1个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个。

　　推进校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妆品第三方检测、临床药理评价研究、健康产品研发、中医药知识产权战略运营中心”四大平台。是云南省中医药政策研究中心，中国中医科学院中医药数据中心云南分中心，云南省民族医药保护与产业发展研究基地。

　　民族医药特色鲜明：以民族医药学科群为优势，以民族医药教育和科学研究为重点，2011年5月成立了民族医药学院。建有云南省中医药民族医药博物馆，是国家中医药文化宣传教育基地、云南省科普教育基地。拥有云南省唯一个民族医药类重点实验室—云南省傣医药与彝医药重点实验。目前已构建了我国唯一的傣医学本科、硕士、博士人才培养体系，出版《云南民族医药大辞典》及傣医药、东巴医药等本土教材专著40余部。

　　国际交流合作不断深化：早在1990年，学校就代表中国与西班牙实现政府间合作办学，建立了“加泰罗尼亚-云南中医学院”，开创了中国中医药领域海外办学的先河，被载入全国中医药高等教育60年史册。成立“澜沧江—湄公河传统医药学院”，面向澜湄区域持续开展国际传统医药人才培养。从2007年发起并连续主办10届“大湄公河次区域传统医药论坛”，先后获批“中国-缅甸”和“中国—老挝”2个国家级海外中医药中心。

　　在中医西学研究方面独树一帜，建有世界唯一的中医西学博物馆，国家汉办“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”，连续举办10届中医西学国际论坛，牵头成立世中联中医人类学专业委员会，为“中华文化走出去”提供了有益的借鉴。建设南药协同创新中心，牵头国际联合科研，成立世界传统医学研究院、大湄公河次区域国家传统医药合作交流学术委员会和传统医药知识及药用植物保护委员会。

　　欣逢盛世，中医药迎来了天时、地利、人和的大好发展时机。2022年11月召开的云南中医药大学第一次党代会，分析了当前发展形势，系统谋划学校未来的发展目标，凝聚全校师生的共同意志形成了“1221”战略部署：走一条特色发展之路，实施学术兴校、人才强校两大战略，围绕“全面提升在云南经济社会发展中的贡献度、迈进西部高等中医药院校先进行列”两个目标，开创一个团结奋斗的崭新局面。